Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL4A4P53420 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.1 ms