Protein–RNA interactions for Protein: P23560

BDNF, Brain-derived neurotrophic factor, humanhuman

Predictions only

Length 247 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BDNFP23560 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
BDNFP23560 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
BDNFP23560 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
BDNFP23560 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
BDNFP23560 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
BDNFP23560 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
BDNFP23560 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
BDNFP23560 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
BDNFP23560 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
BDNFP23560 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
BDNFP23560 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC22.83■■□□□ 1.25
BDNFP23560 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
BDNFP23560 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC22.83■■□□□ 1.24
BDNFP23560 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
BDNFP23560 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
BDNFP23560 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
BDNFP23560 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
BDNFP23560 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
BDNFP23560 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
BDNFP23560 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
BDNFP23560 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BDNFP23560 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BDNFP23560 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BDNFP23560 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
BDNFP23560 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
BDNFP23560 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BDNFP23560 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BDNFP23560 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
BDNFP23560 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BDNFP23560 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BDNFP23560 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BDNFP23560 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
BDNFP23560 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BDNFP23560 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
BDNFP23560 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
BDNFP23560 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
BDNFP23560 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
BDNFP23560 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
BDNFP23560 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
BDNFP23560 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
BDNFP23560 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
BDNFP23560 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
BDNFP23560 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
BDNFP23560 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
BDNFP23560 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
BDNFP23560 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
BDNFP23560 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
BDNFP23560 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
BDNFP23560 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
BDNFP23560 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
BDNFP23560 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
BDNFP23560 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
BDNFP23560 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
BDNFP23560 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
BDNFP23560 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
BDNFP23560 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
BDNFP23560 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
BDNFP23560 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
BDNFP23560 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
BDNFP23560 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
BDNFP23560 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
BDNFP23560 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
BDNFP23560 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
BDNFP23560 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
BDNFP23560 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
BDNFP23560 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
BDNFP23560 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
BDNFP23560 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC22.79■■□□□ 1.24
BDNFP23560 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
BDNFP23560 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
BDNFP23560 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
BDNFP23560 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
BDNFP23560 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
BDNFP23560 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
BDNFP23560 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
BDNFP23560 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
BDNFP23560 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
BDNFP23560 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
BDNFP23560 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
BDNFP23560 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
BDNFP23560 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
BDNFP23560 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
BDNFP23560 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
BDNFP23560 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
BDNFP23560 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
BDNFP23560 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
BDNFP23560 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
BDNFP23560 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
BDNFP23560 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC22.78■■□□□ 1.24
BDNFP23560 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
BDNFP23560 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
BDNFP23560 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
BDNFP23560 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
BDNFP23560 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
BDNFP23560 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
BDNFP23560 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
BDNFP23560 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
BDNFP23560 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
BDNFP23560 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
BDNFP23560 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.7 ms