Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.22
MSH5O43196 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC28.89■■■□□ 2.22
MSH5O43196 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.22
MSH5O43196 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC28.89■■■□□ 2.22
MSH5O43196 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
MSH5O43196 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
MSH5O43196 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
MSH5O43196 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
MSH5O43196 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
MSH5O43196 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
MSH5O43196 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
MSH5O43196 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
MSH5O43196 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
MSH5O43196 AC084024.3-201ENST00000520598 562 ntTSL 4 BASIC28.88■■■□□ 2.21
MSH5O43196 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
MSH5O43196 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
MSH5O43196 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
MSH5O43196 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
MSH5O43196 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
MSH5O43196 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
MSH5O43196 LRRIQ3-202ENST00000370909 793 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
MSH5O43196 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
MSH5O43196 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
MSH5O43196 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
MSH5O43196 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
MSH5O43196 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
MSH5O43196 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
MSH5O43196 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
MSH5O43196 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
MSH5O43196 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC28.86■■■□□ 2.21
MSH5O43196 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
MSH5O43196 ARAF-202ENST00000377039 1271 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
MSH5O43196 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC28.86■■■□□ 2.21
MSH5O43196 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
MSH5O43196 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
MSH5O43196 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
MSH5O43196 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
MSH5O43196 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
MSH5O43196 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
MSH5O43196 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
MSH5O43196 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
MSH5O43196 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
MSH5O43196 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
MSH5O43196 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
MSH5O43196 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
MSH5O43196 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
MSH5O43196 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
MSH5O43196 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
MSH5O43196 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
MSH5O43196 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
MSH5O43196 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
MSH5O43196 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
MSH5O43196 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
MSH5O43196 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
MSH5O43196 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC28.85■■■□□ 2.21
MSH5O43196 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
MSH5O43196 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
MSH5O43196 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
MSH5O43196 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
MSH5O43196 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC28.84■■■□□ 2.21
MSH5O43196 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC28.84■■■□□ 2.21
MSH5O43196 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
MSH5O43196 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
MSH5O43196 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
MSH5O43196 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
MSH5O43196 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
MSH5O43196 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
MSH5O43196 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
MSH5O43196 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
MSH5O43196 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
MSH5O43196 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
MSH5O43196 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
MSH5O43196 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
MSH5O43196 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
MSH5O43196 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
MSH5O43196 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
MSH5O43196 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
MSH5O43196 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
MSH5O43196 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
MSH5O43196 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
MSH5O43196 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
MSH5O43196 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
MSH5O43196 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
MSH5O43196 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
MSH5O43196 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
MSH5O43196 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
MSH5O43196 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
MSH5O43196 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
MSH5O43196 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
MSH5O43196 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC28.81■■■□□ 2.2
MSH5O43196 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
MSH5O43196 TNFRSF10A-AS1-201ENST00000518308 637 ntTSL 3 BASIC28.81■■■□□ 2.2
MSH5O43196 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
MSH5O43196 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
MSH5O43196 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
MSH5O43196 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
MSH5O43196 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
MSH5O43196 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
MSH5O43196 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
MSH5O43196 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.6 ms