Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6N9

USH1C, Harmonin, humanhuman

Predictions only

Length 552 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USH1CQ9Y6N9 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USH1CQ9Y6N9 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USH1CQ9Y6N9 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USH1CQ9Y6N9 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USH1CQ9Y6N9 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USH1CQ9Y6N9 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USH1CQ9Y6N9 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USH1CQ9Y6N9 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USH1CQ9Y6N9 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USH1CQ9Y6N9 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USH1CQ9Y6N9 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.4 ms