Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
ATG4BQ9Y4P1 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC20.52■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC20.51■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
ATG4BQ9Y4P1 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms