Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC26.17■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC26.15■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC26.15■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC26.15■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
BRPF3Q9ULD4 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC26.13■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
BRPF3Q9ULD4 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19 ms