Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
LIMA1Q9UHB6 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.7 ms