Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCAL1Q9NZC9 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms