Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.03
CCDC87Q9NVE4 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC27.7■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC27.7■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC27.7■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms