Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

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Length 1,200 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
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