Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
USP41Q3LFD5 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
USP41Q3LFD5 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
USP41Q3LFD5 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.2 ms