Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC32.97■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC32.97■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC32.96■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC32.96■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC32.96■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC32.96■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC32.96■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC32.96■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC32.96■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC32.95■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC32.95■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.95■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC32.95■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.94■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC32.94■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC32.94■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC32.94■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC32.93■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC32.93■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.93■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC32.93■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC32.93■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC32.93■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC32.93■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC32.92■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC32.92■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC32.92■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC32.92■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC32.92■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC32.92■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC32.92■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC32.91■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC32.91■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.91■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC32.91■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.91■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC32.9■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC32.9■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC32.9■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC32.89■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC32.89■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC32.89■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC32.89■■■□□ 2.86
TCOF1Q13428 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC32.88■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC32.88■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC32.88■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC32.88■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC32.87■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC32.87■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC32.87■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC32.87■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC32.87■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC32.87■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC32.87■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.87■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.86■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC32.86■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.86■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC32.86■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.86■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC32.86■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC32.86■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.86■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.86■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.86■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC32.86■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.86■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC32.85■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
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