Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL7A1Q02388 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.1
COL7A1Q02388 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.1
COL7A1Q02388 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.1
COL7A1Q02388 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.1
COL7A1Q02388 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.1
COL7A1Q02388 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.1
COL7A1Q02388 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL7A1Q02388 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL7A1Q02388 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL7A1Q02388 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL7A1Q02388 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL7A1Q02388 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL7A1Q02388 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL7A1Q02388 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
COL7A1Q02388 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL7A1Q02388 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL7A1Q02388 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL7A1Q02388 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL7A1Q02388 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
COL7A1Q02388 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL7A1Q02388 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL7A1Q02388 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL7A1Q02388 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
COL7A1Q02388 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.9 ms