Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSH2P43246 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSH2P43246 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSH2P43246 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSH2P43246 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSH2P43246 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSH2P43246 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSH2P43246 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSH2P43246 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSH2P43246 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSH2P43246 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSH2P43246 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSH2P43246 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSH2P43246 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSH2P43246 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSH2P43246 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSH2P43246 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSH2P43246 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSH2P43246 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSH2P43246 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSH2P43246 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSH2P43246 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSH2P43246 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSH2P43246 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSH2P43246 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSH2P43246 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSH2P43246 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSH2P43246 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSH2P43246 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
MSH2P43246 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
MSH2P43246 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
MSH2P43246 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
MSH2P43246 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
MSH2P43246 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
MSH2P43246 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
MSH2P43246 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
MSH2P43246 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
MSH2P43246 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
MSH2P43246 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
MSH2P43246 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
MSH2P43246 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
MSH2P43246 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
MSH2P43246 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
MSH2P43246 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC21.94■■□□□ 1.1
MSH2P43246 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
MSH2P43246 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
MSH2P43246 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
MSH2P43246 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
MSH2P43246 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
MSH2P43246 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
MSH2P43246 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
MSH2P43246 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
MSH2P43246 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
MSH2P43246 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
MSH2P43246 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
MSH2P43246 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
MSH2P43246 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
MSH2P43246 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
MSH2P43246 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
MSH2P43246 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSH2P43246 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSH2P43246 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSH2P43246 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSH2P43246 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSH2P43246 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSH2P43246 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSH2P43246 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSH2P43246 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSH2P43246 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSH2P43246 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSH2P43246 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSH2P43246 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSH2P43246 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSH2P43246 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSH2P43246 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSH2P43246 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSH2P43246 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSH2P43246 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSH2P43246 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSH2P43246 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSH2P43246 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSH2P43246 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSH2P43246 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSH2P43246 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
MSH2P43246 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
MSH2P43246 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
MSH2P43246 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
MSH2P43246 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
MSH2P43246 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
MSH2P43246 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
MSH2P43246 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC21.91■■□□□ 1.1
MSH2P43246 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
MSH2P43246 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
MSH2P43246 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
MSH2P43246 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
MSH2P43246 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
MSH2P43246 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
MSH2P43246 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
MSH2P43246 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
MSH2P43246 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42 ms