Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC29.05■■■□□ 2.24
HOXC9P31274 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC29.05■■■□□ 2.24
HOXC9P31274 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
HOXC9P31274 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
HOXC9P31274 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
HOXC9P31274 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
HOXC9P31274 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
HOXC9P31274 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
HOXC9P31274 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
HOXC9P31274 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
HOXC9P31274 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
HOXC9P31274 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
HOXC9P31274 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC29.04■■■□□ 2.24
HOXC9P31274 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC29.04■■■□□ 2.24
HOXC9P31274 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC29.04■■■□□ 2.24
HOXC9P31274 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
HOXC9P31274 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
HOXC9P31274 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
HOXC9P31274 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC29.03■■■□□ 2.24
HOXC9P31274 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
HOXC9P31274 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC29.03■■■□□ 2.24
HOXC9P31274 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
HOXC9P31274 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
HOXC9P31274 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
HOXC9P31274 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
HOXC9P31274 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
HOXC9P31274 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
HOXC9P31274 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
HOXC9P31274 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
HOXC9P31274 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
HOXC9P31274 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.24
HOXC9P31274 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC29.01■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC29.01■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC29■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC29■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC29■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC29■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC29■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.99■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC28.99■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC28.98■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
HOXC9P31274 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC28.95■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC28.94■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC28.94■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC28.93■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.7 ms