Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
MSH5O43196 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
MSH5O43196 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
MSH5O43196 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
MSH5O43196 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
MSH5O43196 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
MSH5O43196 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
MSH5O43196 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
MSH5O43196 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
MSH5O43196 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
MSH5O43196 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
MSH5O43196 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
MSH5O43196 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
MSH5O43196 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
MSH5O43196 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
MSH5O43196 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.97■■■□□ 2.23
MSH5O43196 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
MSH5O43196 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
MSH5O43196 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
MSH5O43196 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
MSH5O43196 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
MSH5O43196 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
MSH5O43196 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
MSH5O43196 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
MSH5O43196 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
MSH5O43196 AC010326.4-201ENST00000604665 891 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
MSH5O43196 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
MSH5O43196 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
MSH5O43196 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
MSH5O43196 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
MSH5O43196 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
MSH5O43196 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
MSH5O43196 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
MSH5O43196 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.23
MSH5O43196 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
MSH5O43196 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
MSH5O43196 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.23
MSH5O43196 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
MSH5O43196 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.23
MSH5O43196 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
MSH5O43196 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
MSH5O43196 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC28.95■■■□□ 2.22
MSH5O43196 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
MSH5O43196 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
MSH5O43196 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
MSH5O43196 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
MSH5O43196 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
MSH5O43196 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
MSH5O43196 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
MSH5O43196 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
MSH5O43196 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
MSH5O43196 IFNA1-201ENST00000276927 863 ntAPPRIS P1 BASIC28.94■■■□□ 2.22
MSH5O43196 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
MSH5O43196 AL353729.2-201ENST00000605859 1249 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
MSH5O43196 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
MSH5O43196 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
MSH5O43196 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
MSH5O43196 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
MSH5O43196 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
MSH5O43196 OR2J1-201ENST00000377171 1273 ntAPPRIS P1 BASIC28.93■■■□□ 2.22
MSH5O43196 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC28.93■■■□□ 2.22
MSH5O43196 MIR583HG-201ENST00000507997 704 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
MSH5O43196 AC090572.2-201ENST00000520649 761 ntTSL 3 BASIC28.93■■■□□ 2.22
MSH5O43196 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
MSH5O43196 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC28.93■■■□□ 2.22
MSH5O43196 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
MSH5O43196 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
MSH5O43196 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
MSH5O43196 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
MSH5O43196 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
MSH5O43196 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
MSH5O43196 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
MSH5O43196 AL590133.2-202ENST00000561111 642 ntTSL 3 BASIC28.92■■■□□ 2.22
MSH5O43196 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
MSH5O43196 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
MSH5O43196 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
MSH5O43196 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
MSH5O43196 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
MSH5O43196 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
MSH5O43196 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
MSH5O43196 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
MSH5O43196 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
MSH5O43196 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
MSH5O43196 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
MSH5O43196 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
MSH5O43196 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
MSH5O43196 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.9■■■□□ 2.22
MSH5O43196 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
MSH5O43196 C4orf45-201ENST00000434826 1215 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
MSH5O43196 LINC00972-202ENST00000438065 788 ntTSL 3 BASIC28.9■■■□□ 2.22
MSH5O43196 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
MSH5O43196 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
MSH5O43196 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
MSH5O43196 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
MSH5O43196 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
MSH5O43196 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
MSH5O43196 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
MSH5O43196 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC28.89■■■□□ 2.22
MSH5O43196 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC28.89■■■□□ 2.22
MSH5O43196 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.2 ms