Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS54Q9P1Q0 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21 ms