Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUW8

TDP1, Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1, humanhuman

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Length 608 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TDP1Q9NUW8 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
TDP1Q9NUW8 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TDP1Q9NUW8 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TDP1Q9NUW8 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TDP1Q9NUW8 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TDP1Q9NUW8 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TDP1Q9NUW8 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TDP1Q9NUW8 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TDP1Q9NUW8 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC22.45■■□□□ 1.18
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