Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRERF1Q96PN7 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
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