Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC21.05■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC21.05■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
USP53Q70EK8 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms