Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
MSH2P43246 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
MSH2P43246 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
MSH2P43246 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
MSH2P43246 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
MSH2P43246 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
MSH2P43246 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
MSH2P43246 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
MSH2P43246 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
MSH2P43246 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
MSH2P43246 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
MSH2P43246 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
MSH2P43246 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
MSH2P43246 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
MSH2P43246 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
MSH2P43246 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
MSH2P43246 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
MSH2P43246 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
MSH2P43246 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
MSH2P43246 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
MSH2P43246 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
MSH2P43246 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
MSH2P43246 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
MSH2P43246 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
MSH2P43246 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
MSH2P43246 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
MSH2P43246 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
MSH2P43246 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
MSH2P43246 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
MSH2P43246 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
MSH2P43246 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
MSH2P43246 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
MSH2P43246 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
MSH2P43246 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
MSH2P43246 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
MSH2P43246 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
MSH2P43246 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
MSH2P43246 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
MSH2P43246 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
MSH2P43246 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
MSH2P43246 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
MSH2P43246 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
MSH2P43246 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
MSH2P43246 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
MSH2P43246 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
MSH2P43246 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
MSH2P43246 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
MSH2P43246 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.11
MSH2P43246 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSH2P43246 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSH2P43246 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSH2P43246 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSH2P43246 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSH2P43246 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSH2P43246 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSH2P43246 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSH2P43246 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSH2P43246 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSH2P43246 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSH2P43246 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSH2P43246 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSH2P43246 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSH2P43246 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
MSH2P43246 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
MSH2P43246 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
MSH2P43246 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
MSH2P43246 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC22■■□□□ 1.11
MSH2P43246 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
MSH2P43246 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
MSH2P43246 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
MSH2P43246 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
MSH2P43246 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
MSH2P43246 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
MSH2P43246 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
MSH2P43246 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
MSH2P43246 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
MSH2P43246 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
MSH2P43246 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
MSH2P43246 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
MSH2P43246 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
MSH2P43246 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
MSH2P43246 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
MSH2P43246 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
MSH2P43246 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
MSH2P43246 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
MSH2P43246 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
MSH2P43246 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
MSH2P43246 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
MSH2P43246 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
MSH2P43246 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
MSH2P43246 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
MSH2P43246 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
MSH2P43246 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
MSH2P43246 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
MSH2P43246 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
MSH2P43246 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
MSH2P43246 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSH2P43246 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSH2P43246 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSH2P43246 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.8 ms