Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.6 ms