Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
COL6A1P12109 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A1P12109 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.4 ms