Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC11O43248 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC11O43248 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.1 ms