Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CPSF3Q9UKF6 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
CPSF3Q9UKF6 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.8 ms