Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC21.9■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
DKK3Q9UBP4 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.4 ms