Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SMARCAL1Q9NZC9 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SMARCAL1Q9NZC9 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SMARCAL1Q9NZC9 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SMARCAL1Q9NZC9 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SMARCAL1Q9NZC9 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
SMARCAL1Q9NZC9 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC22.92■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
SMARCAL1Q9NZC9 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
SMARCAL1Q9NZC9 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
SMARCAL1Q9NZC9 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SMARCAL1Q9NZC9 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SMARCAL1Q9NZC9 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SMARCAL1Q9NZC9 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SMARCAL1Q9NZC9 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SMARCAL1Q9NZC9 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SMARCAL1Q9NZC9 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SMARCAL1Q9NZC9 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SMARCAL1Q9NZC9 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SMARCAL1Q9NZC9 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SMARCAL1Q9NZC9 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SMARCAL1Q9NZC9 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SMARCAL1Q9NZC9 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SMARCAL1Q9NZC9 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SMARCAL1Q9NZC9 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms