Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC20.32■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC20.28■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC20.26■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.2 ms