Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC21.31■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC21.29■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC21.27■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC3Q9BQI4 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms