Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC17.25■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC17.21■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.1 ms