Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
HOXD9P28356 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXD9P28356 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.9 ms