Protein–RNA interactions for Protein: P23560

BDNF, Brain-derived neurotrophic factor, humanhuman

Predictions only

Length 247 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BDNFP23560 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC23.08■■□□□ 1.28
BDNFP23560 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
BDNFP23560 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
BDNFP23560 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
BDNFP23560 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
BDNFP23560 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
BDNFP23560 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
BDNFP23560 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
BDNFP23560 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
BDNFP23560 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
BDNFP23560 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
BDNFP23560 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
BDNFP23560 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
BDNFP23560 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
BDNFP23560 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
BDNFP23560 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
BDNFP23560 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC23.06■■□□□ 1.28
BDNFP23560 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
BDNFP23560 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
BDNFP23560 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
BDNFP23560 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
BDNFP23560 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
BDNFP23560 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
BDNFP23560 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
BDNFP23560 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
BDNFP23560 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
BDNFP23560 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
BDNFP23560 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
BDNFP23560 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
BDNFP23560 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
BDNFP23560 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
BDNFP23560 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
BDNFP23560 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
BDNFP23560 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
BDNFP23560 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
BDNFP23560 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
BDNFP23560 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
BDNFP23560 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
BDNFP23560 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC23.04■■□□□ 1.28
BDNFP23560 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
BDNFP23560 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
BDNFP23560 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
BDNFP23560 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
BDNFP23560 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
BDNFP23560 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
BDNFP23560 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
BDNFP23560 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
BDNFP23560 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
BDNFP23560 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
BDNFP23560 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
BDNFP23560 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
BDNFP23560 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
BDNFP23560 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
BDNFP23560 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
BDNFP23560 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
BDNFP23560 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
BDNFP23560 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
BDNFP23560 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
BDNFP23560 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
BDNFP23560 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
BDNFP23560 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
BDNFP23560 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
BDNFP23560 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
BDNFP23560 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
BDNFP23560 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
BDNFP23560 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
BDNFP23560 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
BDNFP23560 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
BDNFP23560 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
BDNFP23560 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
BDNFP23560 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
BDNFP23560 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
BDNFP23560 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
BDNFP23560 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
BDNFP23560 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
BDNFP23560 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
BDNFP23560 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
BDNFP23560 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
BDNFP23560 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
BDNFP23560 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
BDNFP23560 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC23■■□□□ 1.27
BDNFP23560 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC23■■□□□ 1.27
BDNFP23560 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
BDNFP23560 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
BDNFP23560 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
BDNFP23560 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
BDNFP23560 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
BDNFP23560 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
BDNFP23560 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
BDNFP23560 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
BDNFP23560 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
BDNFP23560 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
BDNFP23560 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
BDNFP23560 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC22.99■■□□□ 1.27
BDNFP23560 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
BDNFP23560 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
BDNFP23560 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
BDNFP23560 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
BDNFP23560 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
BDNFP23560 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.8 ms