Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SNHG28P0DPA3 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.6 ms