Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC21.23■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC21.23■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC21.23■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC21.22■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC21.22■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC21.19■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms