Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC18.82■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CHD3Q12873 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
CHD3Q12873 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.59
CHD3Q12873 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
CHD3Q12873 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.59
CHD3Q12873 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
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