Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD9P28356 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23 ms