Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
VPS29Q9UBQ0 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS29Q9UBQ0 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS29Q9UBQ0 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS29Q9UBQ0 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS29Q9UBQ0 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS29Q9UBQ0 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS29Q9UBQ0 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS29Q9UBQ0 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS29Q9UBQ0 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS29Q9UBQ0 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS29Q9UBQ0 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS29Q9UBQ0 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS29Q9UBQ0 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS29Q9UBQ0 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS29Q9UBQ0 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS29Q9UBQ0 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS29Q9UBQ0 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS29Q9UBQ0 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
VPS29Q9UBQ0 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
VPS29Q9UBQ0 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
VPS29Q9UBQ0 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
VPS29Q9UBQ0 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
VPS29Q9UBQ0 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
VPS29Q9UBQ0 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
VPS29Q9UBQ0 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
VPS29Q9UBQ0 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
VPS29Q9UBQ0 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
VPS29Q9UBQ0 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.9 ms