Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CHMP4AQ9BY43 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP4AQ9BY43 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC28■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms