Protein–RNA interactions for Protein: Q969F9

HPS3, Hermansky-Pudlak syndrome 3 protein, humanhuman

Predictions only

Length 1,004 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HPS3Q969F9 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
HPS3Q969F9 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
HPS3Q969F9 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms