Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC112Q8NEF3 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 92.8 ms