Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC23.64■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
CHD9Q3L8U1 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
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