Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
LIG3P49916 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
LIG3P49916 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
LIG3P49916 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
LIG3P49916 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIG3P49916 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIG3P49916 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIG3P49916 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIG3P49916 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIG3P49916 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIG3P49916 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIG3P49916 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIG3P49916 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIG3P49916 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIG3P49916 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIG3P49916 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIG3P49916 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIG3P49916 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIG3P49916 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIG3P49916 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIG3P49916 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIG3P49916 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIG3P49916 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIG3P49916 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIG3P49916 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIG3P49916 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIG3P49916 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIG3P49916 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIG3P49916 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG3P49916 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG3P49916 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG3P49916 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG3P49916 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG3P49916 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG3P49916 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG3P49916 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG3P49916 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG3P49916 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG3P49916 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG3P49916 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG3P49916 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG3P49916 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIG3P49916 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIG3P49916 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIG3P49916 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIG3P49916 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIG3P49916 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIG3P49916 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIG3P49916 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIG3P49916 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIG3P49916 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIG3P49916 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIG3P49916 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
LIG3P49916 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIG3P49916 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIG3P49916 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIG3P49916 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIG3P49916 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIG3P49916 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIG3P49916 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIG3P49916 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIG3P49916 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIG3P49916 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIG3P49916 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIG3P49916 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIG3P49916 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
LIG3P49916 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIG3P49916 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIG3P49916 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIG3P49916 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIG3P49916 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIG3P49916 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIG3P49916 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIG3P49916 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIG3P49916 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
LIG3P49916 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIG3P49916 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
LIG3P49916 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIG3P49916 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIG3P49916 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIG3P49916 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIG3P49916 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIG3P49916 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIG3P49916 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIG3P49916 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIG3P49916 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIG3P49916 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIG3P49916 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIG3P49916 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIG3P49916 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIG3P49916 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIG3P49916 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIG3P49916 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIG3P49916 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIG3P49916 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIG3P49916 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIG3P49916 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIG3P49916 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
LIG3P49916 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIG3P49916 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 87.2 ms