Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC37.46■■■■□ 3.59
CUX1P39880 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC37.45■■■■□ 3.59
CUX1P39880 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC37.45■■■■□ 3.59
CUX1P39880 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC37.45■■■■□ 3.59
CUX1P39880 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC37.45■■■■□ 3.59
CUX1P39880 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.44■■■■□ 3.58
CUX1P39880 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC37.44■■■■□ 3.58
CUX1P39880 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.44■■■■□ 3.58
CUX1P39880 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC37.44■■■■□ 3.58
CUX1P39880 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.44■■■■□ 3.58
CUX1P39880 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.44■■■■□ 3.58
CUX1P39880 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.44■■■■□ 3.58
CUX1P39880 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.44■■■■□ 3.58
CUX1P39880 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.44■■■■□ 3.58
CUX1P39880 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.43■■■■□ 3.58
CUX1P39880 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.43■■■■□ 3.58
CUX1P39880 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC37.43■■■■□ 3.58
CUX1P39880 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC37.43■■■■□ 3.58
CUX1P39880 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC37.43■■■■□ 3.58
CUX1P39880 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC37.43■■■■□ 3.58
CUX1P39880 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC37.43■■■■□ 3.58
CUX1P39880 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.43■■■■□ 3.58
CUX1P39880 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC37.43■■■■□ 3.58
CUX1P39880 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.43■■■■□ 3.58
CUX1P39880 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.43■■■■□ 3.58
CUX1P39880 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC37.43■■■■□ 3.58
CUX1P39880 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC37.42■■■■□ 3.58
CUX1P39880 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.42■■■■□ 3.58
CUX1P39880 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.42■■■■□ 3.58
CUX1P39880 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC37.42■■■■□ 3.58
CUX1P39880 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.42■■■■□ 3.58
CUX1P39880 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC37.42■■■■□ 3.58
CUX1P39880 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC37.41■■■■□ 3.58
CUX1P39880 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC37.41■■■■□ 3.58
CUX1P39880 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC37.41■■■■□ 3.58
CUX1P39880 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.41■■■■□ 3.58
CUX1P39880 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC37.41■■■■□ 3.58
CUX1P39880 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.41■■■■□ 3.58
CUX1P39880 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.41■■■■□ 3.58
CUX1P39880 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.41■■■■□ 3.58
CUX1P39880 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC37.4■■■■□ 3.58
CUX1P39880 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC37.4■■■■□ 3.58
CUX1P39880 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC37.4■■■■□ 3.58
CUX1P39880 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.4■■■■□ 3.58
CUX1P39880 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC37.4■■■■□ 3.58
CUX1P39880 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.4■■■■□ 3.58
CUX1P39880 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC37.4■■■■□ 3.58
CUX1P39880 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC37.4■■■■□ 3.58
CUX1P39880 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC37.4■■■■□ 3.58
CUX1P39880 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.4■■■■□ 3.58
CUX1P39880 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.39■■■■□ 3.58
CUX1P39880 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC37.39■■■■□ 3.58
CUX1P39880 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC37.39■■■■□ 3.58
CUX1P39880 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC37.39■■■■□ 3.58
CUX1P39880 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC37.39■■■■□ 3.58
CUX1P39880 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC37.39■■■■□ 3.58
CUX1P39880 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.38■■■■□ 3.58
CUX1P39880 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.38■■■■□ 3.57
CUX1P39880 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.38■■■■□ 3.57
CUX1P39880 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC37.38■■■■□ 3.57
CUX1P39880 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.38■■■■□ 3.57
CUX1P39880 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC37.38■■■■□ 3.57
CUX1P39880 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC37.38■■■■□ 3.57
CUX1P39880 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC37.38■■■■□ 3.57
CUX1P39880 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.38■■■■□ 3.57
CUX1P39880 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.38■■■■□ 3.57
CUX1P39880 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.37■■■■□ 3.57
CUX1P39880 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC37.37■■■■□ 3.57
CUX1P39880 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC37.37■■■■□ 3.57
CUX1P39880 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC37.37■■■■□ 3.57
CUX1P39880 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC37.37■■■■□ 3.57
CUX1P39880 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC37.37■■■■□ 3.57
CUX1P39880 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC37.37■■■■□ 3.57
CUX1P39880 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.36■■■■□ 3.57
CUX1P39880 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC37.36■■■■□ 3.57
CUX1P39880 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC37.36■■■■□ 3.57
CUX1P39880 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.36■■■■□ 3.57
CUX1P39880 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC37.36■■■■□ 3.57
CUX1P39880 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.36■■■■□ 3.57
CUX1P39880 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC37.36■■■■□ 3.57
CUX1P39880 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC37.36■■■■□ 3.57
CUX1P39880 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC37.36■■■■□ 3.57
CUX1P39880 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.36■■■■□ 3.57
CUX1P39880 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC37.35■■■■□ 3.57
CUX1P39880 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC37.35■■■■□ 3.57
CUX1P39880 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.35■■■■□ 3.57
CUX1P39880 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC37.35■■■■□ 3.57
CUX1P39880 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC37.35■■■■□ 3.57
CUX1P39880 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC37.35■■■■□ 3.57
CUX1P39880 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC37.35■■■■□ 3.57
CUX1P39880 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC37.35■■■■□ 3.57
CUX1P39880 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC37.35■■■■□ 3.57
CUX1P39880 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.34■■■■□ 3.57
CUX1P39880 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC37.34■■■■□ 3.57
CUX1P39880 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.33■■■■□ 3.57
CUX1P39880 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.33■■■■□ 3.57
CUX1P39880 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.33■■■■□ 3.57
CUX1P39880 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC37.33■■■■□ 3.57
CUX1P39880 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC37.33■■■■□ 3.57
CUX1P39880 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC37.33■■■■□ 3.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16 ms