Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC29.54■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC29.53■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC29.52■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC29.52■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC29.52■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC29.51■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC29.51■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC29.49■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.49■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC29.49■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC29.46■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC29.46■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
COL18A1P39060 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC29.45■■■□□ 2.3
COL18A1P39060 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.3
COL18A1P39060 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
COL18A1P39060 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
COL18A1P39060 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC29.44■■■□□ 2.3
COL18A1P39060 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC29.44■■■□□ 2.3
COL18A1P39060 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
COL18A1P39060 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
COL18A1P39060 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC29.44■■■□□ 2.3
COL18A1P39060 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC29.44■■■□□ 2.3
COL18A1P39060 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
COL18A1P39060 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC29.44■■■□□ 2.3
COL18A1P39060 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC29.44■■■□□ 2.3
COL18A1P39060 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
COL18A1P39060 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC29.44■■■□□ 2.3
COL18A1P39060 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL18A1P39060 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL18A1P39060 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL18A1P39060 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC29.43■■■□□ 2.3
COL18A1P39060 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL18A1P39060 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL18A1P39060 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL18A1P39060 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL18A1P39060 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL18A1P39060 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC29.42■■■□□ 2.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.6 ms