Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS29Q9UBQ0 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS29Q9UBQ0 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 270.6 ms