Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.6 ms