Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 KMT5B-201ENST00000304363 5837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 QKI-205ENST00000392127 7911 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.7 ms