Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC16■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC16■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC16■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC16■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC16■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL7A1Q02388 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.5 ms