Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIG3P49916 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIG3P49916 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIG3P49916 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIG3P49916 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIG3P49916 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
LIG3P49916 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIG3P49916 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIG3P49916 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIG3P49916 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIG3P49916 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIG3P49916 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIG3P49916 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIG3P49916 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIG3P49916 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIG3P49916 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIG3P49916 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIG3P49916 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIG3P49916 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIG3P49916 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIG3P49916 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIG3P49916 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIG3P49916 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIG3P49916 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIG3P49916 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
LIG3P49916 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIG3P49916 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIG3P49916 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIG3P49916 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIG3P49916 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIG3P49916 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIG3P49916 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIG3P49916 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIG3P49916 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIG3P49916 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIG3P49916 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIG3P49916 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIG3P49916 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIG3P49916 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIG3P49916 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIG3P49916 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIG3P49916 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIG3P49916 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIG3P49916 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIG3P49916 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIG3P49916 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIG3P49916 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIG3P49916 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIG3P49916 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIG3P49916 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIG3P49916 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIG3P49916 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIG3P49916 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIG3P49916 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIG3P49916 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIG3P49916 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIG3P49916 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIG3P49916 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIG3P49916 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIG3P49916 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIG3P49916 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIG3P49916 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIG3P49916 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIG3P49916 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIG3P49916 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIG3P49916 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIG3P49916 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIG3P49916 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIG3P49916 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIG3P49916 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIG3P49916 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIG3P49916 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
LIG3P49916 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIG3P49916 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIG3P49916 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIG3P49916 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
LIG3P49916 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIG3P49916 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIG3P49916 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG3P49916 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG3P49916 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG3P49916 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG3P49916 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG3P49916 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG3P49916 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG3P49916 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG3P49916 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG3P49916 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG3P49916 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG3P49916 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG3P49916 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG3P49916 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIG3P49916 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIG3P49916 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIG3P49916 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIG3P49916 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIG3P49916 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIG3P49916 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIG3P49916 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
LIG3P49916 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.6 ms