Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CTCFP49711 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
CTCFP49711 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CTCFP49711 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CTCFP49711 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CTCFP49711 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CTCFP49711 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CTCFP49711 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CTCFP49711 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CTCFP49711 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CTCFP49711 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
CTCFP49711 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CTCFP49711 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CTCFP49711 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CTCFP49711 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CTCFP49711 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CTCFP49711 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CTCFP49711 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CTCFP49711 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CTCFP49711 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
CTCFP49711 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CTCFP49711 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CTCFP49711 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CTCFP49711 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CTCFP49711 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CTCFP49711 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CTCFP49711 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CTCFP49711 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CTCFP49711 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CTCFP49711 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CTCFP49711 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CTCFP49711 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CTCFP49711 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CTCFP49711 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CTCFP49711 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CTCFP49711 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CTCFP49711 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CTCFP49711 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CTCFP49711 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CTCFP49711 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CTCFP49711 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CTCFP49711 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CTCFP49711 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CTCFP49711 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CTCFP49711 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CTCFP49711 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CTCFP49711 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CTCFP49711 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CTCFP49711 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CTCFP49711 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CTCFP49711 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CTCFP49711 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CTCFP49711 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CTCFP49711 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CTCFP49711 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CTCFP49711 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CTCFP49711 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CTCFP49711 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CTCFP49711 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CTCFP49711 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
CTCFP49711 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CTCFP49711 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CTCFP49711 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CTCFP49711 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CTCFP49711 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CTCFP49711 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CTCFP49711 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
CTCFP49711 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CTCFP49711 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
CTCFP49711 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CTCFP49711 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CTCFP49711 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CTCFP49711 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CTCFP49711 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CTCFP49711 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
CTCFP49711 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
CTCFP49711 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CTCFP49711 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CTCFP49711 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CTCFP49711 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CTCFP49711 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CTCFP49711 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CTCFP49711 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CTCFP49711 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CTCFP49711 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CTCFP49711 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CTCFP49711 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
CTCFP49711 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CTCFP49711 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CTCFP49711 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CTCFP49711 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CTCFP49711 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CTCFP49711 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
CTCFP49711 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CTCFP49711 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
CTCFP49711 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.71
CTCFP49711 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CTCFP49711 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CTCFP49711 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CTCFP49711 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms